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有机化合物是由于有机体生长和分解而产生的天然分子组合。这不应与水和矿物质等非有机元素相混淆，这些元素是天然的，但实际上与生物体无关。许多农业关注维持有机化合物的适当平衡，或使用有机化合物来解决特定的作物问题。
恢复土壤
有机化合物的传统用途之一是补充作物土壤中减少的养分。种植者以多种方式做到这一点。每隔几年轮作在不同种类的作物之间切换。不同的植物使用不同类型的养分，通过来回切换，土壤可以通过作物分解积累必要的有机化合物。种植者还可以手动向土壤中添加不同的有机化合物，例如磷酸盐，以帮助补充土壤中的生物物质。
综合保护
合成有机化合物是在自然界中具有相关性的化学物质，但是以科学方式而非自然方式生产的。这些化合物通常用于有机杀虫剂，旨在去除害虫，但不会像环境中尚未发现的全合成化学品那样对环境造成那么大的破坏。一些种植者还使用完全天然的有机化合物，如高岭土，来保护他们的作物免受真菌和昆虫的侵害。虽然植物不需要这些化合物才能生存，但它们确实提供了必要的保护层，使作物能够健康生长。
菌类
真菌生活在农作物土壤中，并在农作物之间生长。这些有益真菌被称为水泡丛枝菌根，它们与植物建立了共生关系，使植物更容易吸收养分和水分。种植者添加这种真菌有助于肥沃土壤并促进植物健康生长。
